با وجودی که برای گزینش عوامل حرفه ای- مخصوصا پژوهشگران، نویسندگان فیلمنامه و کارگردان - آثار مذهبی در تلویزیون سخت گیری بسیاری وجود دارد و با وجودی که فرج الله سلحشور از جمله کارگردانانی است که تلویزیون بسیار با نظرات او همسویی دارد، هنوز دو قسمت از پخش سریال حضرت یوسف – آخرین اثر سلحشور – از تلویزیون نگذشته بود که اولین اعتراض جدی از سوی روحانیون اتفاق افتاد.

آیت الله سبحانی در جمع عوامل فیلم "ملک سلیمان" که یک فیلم سینمایی مذهبی است، اعتراض خود را نسبت به نکاتی در سریال یوسف که آنها را اسرائیلیات نامید بیان کرد: "فیلمسازان فریب تاریخ نگاری اسرائیلیات را نخورند. چرا که اخبار و روایاتی که در برخی کتب مسیحیت و یهودیت تفسیر شده با واقعیت سازگار نیست. اگر چه ازدواج یک مرد با دوخواهر درآن شرایط حرام نبوده، ولی دلیلی نداشت این مساله در سریال گنجانده شود. در شرایط امروز بیننده از این تصاویر برداشت غیر صحیح دارد."

اعتراض مورد نظر به حضرت یعقوب، پدر حضرت یوسف است که در سریال "یوسف پیامبر" نقش آن را محمود پاک نیت بازی می کند. او دو همسر دارد که با هم خواهرند.

همچنین این روحانی به مساله وحی اشاره کرده و گفته است با وجودی که اجازه داریم چهره پیامبرانی را که اولوالعزم نیستند نشان بدهیم، اما باید در نشان دادن مقوله وحی بسیار با ظرافت عمل کرد.

این در حالی است که در هیچ بخش از سریال یوسف پیامبر به عنوان یک اثر عظیم و پرهزینه تاریخی ظرافت مشاهده نمی شود. طراحی لباسها، هدایت بازی بازیگران، گریم، دیالوگها و مهمتر از همه نگاهی که در قصه وجود دارد کاملا با آثار تاریخی کهنه دهه 60 سینما و تلویزیون مطابقت می کند.

آن ظرافت، جذابیت و به روز در آوردنی که مثلا در آثار داود میرباقری – که هم اکنون سریال مختارنامه مربوط به زندگی یکی از یاران امام حسین (امام سوم شیعیان) را می سازد – مشاهده می شود و حتی در کارگردانی آثار مهدی فخیم زاده که دو سریال مهم تاریخی مذهبی – داستان زندگی امام حسن و امام رضا – را در پرونده کاری خود دارد، در این سریال دیده نمی شود.

حتی مردان آنجلس – سریال قبلی سلحشور – به نظر هنرمندانه تر می رسید. به هر حال آیت الله سبحانی با اعتراض به این سریال در جمع عوامل فیلم ملک سلیمان از آنها خواسته است که بیشتر مراقب اسرائیلیات و تحریفات زندگی حضرت سلیمان و حضرت داود باشند: " حضرت سلیمان (ع) مظلوم‌ترین پیامبر بنی اسراییل است چراکه برغم اینکه آن حضرت حاکم بزرگی بوده اما نویسندگان تورات ومسیحیان (اسراییلیات) به بدترین وضع، زندگی او را تشریح کرده‌اند که متاسفانه این روایات وارد برخی کتابهای اهل سنت هم شده است."

فرج الله سلحشور، کارگردان این سریال در گفتگو با خبرگزاری فارس به سرعت به اظهارات آیت اللله سبحانی پاسخ داده: "من آنچه که در تاریخ و تفاسیر ما وجود دارد، آورده‌ام و اگر هم موضوعی در سریال وجود دارد که به اسرائیلیات برمی‌گردد، مقصر کتاب‌ها و علمای ما هستند. سوال اینجاست که چرا تا امروز علما و بزرگان ما این اسرائیلیات را از کتاب‌های ما خارج نکرده‌اند و این کتاب‌ها اصلاح نشده‌اند؟"

سلحشور که تا به حال مجموعه های تلویزیونی مردان آنجلس (داستان اصحاب کهف) و ایوب پیامبر را در کارنامه خود داشته، گفته است که دلش می خواهد به قصه های قرآنی بپردازد که جنبه جهانی داشته باشند.

داستان عشق زلیخا – ملکه دربار – به یوسف از داستان های جذاب قرآنی است که بارها در سراسر دنیا به فیلم و سریال تبدیل شده است.همین طور زیبایی حضرت یوسف که آن صحنه معروف را در تاریخ اسلام به تصویر کشیده که زنان هنگام ورود او به سالن همه با چاقو به جای بریدن میوه دست های خود را بریده اند، در حالی که حضرت یوسف به همه شان بی اعتنا بوده، به او شخصیتی منحصر بفرد داده است. داستان زندگی یوسف پیامبر داستانی پر فراز و نشیب و مناسب برای یک اثر نمایشی است.

بازیگر نقش حضرت یوسف یکی از بحث برانگیز ترین مراحل تولید سریال یوسف پیامبر بود. در نهایت بازیگری انتخاب شد به نام مصطفی زمانی که تا پیش از این سریال جلوی دوربین قرار نگرفته بود. البته انتقادهای بسیاری را به دلیل این انتخاب به کارگردان پروژه وارد شده است. عوامل سریال برای انتخاب بازیگر یوسف به دنبال یک چهره شرقی و فلسطینی بودند. حضرت یوسف متولد عراق و بابل است ولی همراه خانواده اش به الخلیل کوچ می کند. نقش زلیخا را کتایون ریاحی بازی می کند که بازی او در سریال ها ی شب دهم و پس از باران بیشتر در یادها مانده است.